La Quatrième Grande Guerre Shinobi opposant l'Akatsuki et les Cinq Grands Nations Ninjas vient de commencer. L'Akatsuki continue de chercher les Jinchurikis de Hachibi et de Kyûbi afin de mettre la main sur leurs pouvoirs. Pendant ce temps les Cinq Kages s'organisent pour faire face à Madara Uchiwa, leader de l'Akatsuki. Naruto Uzumaki se prépare à affronter son ami Sasuke Uchiwa dans ce conflit mondial. La plus grande guerre shinobi vient de débuter ....

Naruto reviens dans son village après un entraînement de 3 ans. Il est chargé d'une mission de rang S qui consiste a assassiné Madara Uchiwa et ramener Uchiwa Sasuke a Konoha. Il se fait aider de ses anciens amis et de ses ex-senseis.