Trois ans ont passé depuis la mort d'Orochimaru et la destruction de l'Akatsuki. De véritables héros sont nés à Konoha, village qui a depuis reprit sa paisible existence. Mais les survivants ennemis se rassemblent, préparant leur vengeance. Une nouvelle guerre est imminente, que va-t-il se passer ?

Depuis l'attaque de Pain, Konoha a bien changé. Deux gouvernements se chevauchent. Celui de Danzou le Rokudaime et celui de Tsunade, officieux. Naruto s'est exilé durant trois ans, sous la tutelle du Jinchuriki d'Hachibi, et plus personne n'a la moindre nouvelle de ce dernier. Mais de récents échos, le ramènent au grand jour, tandis que l'Akatsuki reconstitué se lance à sa poursuite et celle du Jinchuriki d'Hachibi.