Cinq ans après la Grande Guerre, Naruto décide de retourner à Konoha, ayant voyagé à travers le monde afin d'oublier Sasuke. Il est bien sûr sans nouvelle du jeune Uchiwa, qui lui aussi arpente le monde ninja et semble bien décidé à venger son clan d'une manière fort redoutable. Akatsuki refait surface, animée d'un très machiavélique projet de domination mondiale...