Voilà 3 ans que Naruto et Jiraiya devraient être de retour au village. Mais ils ont comme disparus de la surface de la terre. Le temps passe sans pour autant refermer la blessure béante ouverte dans le cœur de Sakura. Elle a perdu son autre coéquipier... Qu'en est il de la situation de Naruto et Jiraiya ? Sakura retrouvera-t-elle ces personnes qui lui sont chères ? L'envie de vivre la quitte doucement... Les autres se construisent doucement, et elle... meurt doucement...

Naruto tue Sasuke dans un duel fratricide pour sauver sa propre vie. Cependant, tant de ses amis étaient morts pour essayer de ramener Sasuke que la rancoeur s'est installée chez ses soi-disant amis. Naruto, excédé, décide de s'enfuir à tout jamais de Konoha et d'oublier son passé pour recommencer une nouvelle vie. Pourtant, son passé va le rattraper et Naruto sera confronté à des choix difficiles.

L'histoire n'est plus du tout la même et commence au shippuuden. Un Naruto plus fort que jamais recevra un accueil froid à son retour grâce à une certaine personne. Il décidera de déserter pour créer un groupe nommé Akuma Jidai qui aura des Jinchuuriki comme membre. Leur but: détruire l'Akatsuki mais aussi autre chose... Succombera-t-il à son côté maléfique et à sa haine? De plus, quelques chose ne tourne pas rond dans l'attitude des gens de Konoha. Attention aux intrigues cachées!