Un peu plus de huit ans se sont écoulés depuis l'attaque de Pein, Naruto est déclaré mort et Danzou a pris le pouvoir. Le village s'est séparé en deux, NéoKonoha sous les ordres de Danzou, Rokudaime Hokage. Et Namikaze no Sato là où sont réunis tous les ninjas qui luttent contre la tyrannie de Danzou. La paix dans le monde Shinobi ne tient qu'à un fil mais un nouvel espoir va venir prêter main forte aux nations Ninjas et empêcher le monde de sombrer sous la menace de l'Akatsuki...

Naruto décide de partir de Konoha. La raison est simple mais pourtant c’est une dure réalité : Le retour de Sasuke ne va apporter que du malheur au jeune Jinchuuriki, qui va se retrouver à nouveau rejeté par les habitants. Lui qui pensait qu’il allait être enfin accepté après avoir réussi à ramener l’Uchiha… Ses rêves sont brisés et son mental en prend un coup, influencé en plus par l'esprit Démoniaque de Kyûbi.