100 ans après la bataille qui opposa la coalition à l'Akatsuki et Kabuto, les 5 grands ninjas scellèrent le corps du Jûubi dans 7 artéfacts dissimulés un peut partout sur la planéte, mais une organisation secrète reprend le flambeau de l'Akatsuki et va tenter par tout les moyens de réveiller le Jûubi et provoquer un nouveau cataclysme ...