Trois ans ont passé depuis la mort d'Orochimaru et la destruction de l'Akatsuki. De véritables héros sont nés à Konoha, village qui a depuis reprit sa paisible existence. Mais les survivants ennemis se rassemblent, préparant leur vengeance. Une nouvelle guerre est imminente, que va-t-il se passer ?

Naruto va s'entraîner avec Jiraya pendant 3 ans mais va disparaître. Jiraya va annoncer la mauvaise nouvelle au village. Sept ans plus tard un étranger arrive dans le village. Il est pour le moins étrange. Entretemps Sasuke est revenu...