L'histoire se passe 5 ans après que Naruto ait quitté le village de Konoha et depuis ce jour il n'est jamais réapparu. Mais le jour où il reviendra il va en surprendre plusieures.

Naruto va s'entraîner avec Jiraya pendant 3 ans mais va disparaître. Jiraya va annoncer la mauvaise nouvelle au village. Sept ans plus tard un étranger arrive dans le village. Il est pour le moins étrange. Entretemps Sasuke est revenu...

Le jeune Naruto qui est le possesseur de Kyuubi le démon renard a nefs queues et qui est la réincarnation du mal pour certaines personnes, se trouve mêlé à une affaire bien étrange; qui changera le court d’histoire et sa façon de vivre tout en réalisant son origine.

Naruto fait mission à mission pour toujours le même but : ramener Sasuke, il finira par y arriver après s'être éloigné de Konoha pendant 3 ans, seul. Plein de péripéties lui arriveront par la suite.

Après l'examen Jounin, Naruto s'enfuit sous les remarques pertinentes de ses amis. Après avoir fait le tour de tous les villages,seul, il revient 6 ans après. Différent du Naruto d'avant...