Cette histoire se passe au Moyen-Age, ou des créatures inconnues habitent les forêts. Naruto a dix ans et dépend d'une famille qui le maltraite à longueur de journée. Cependant, un jour ou il fait preuve d'un grand courage, il décide de s'enfuir et d'amener avec lui une petite fille qu'il a sauvé. A partir de ce jour là démarre une quête remplie d'aventures et de mystères.