L’histoire se déroule juste après que Naruto ait reçu son bandeau frontal de la part d’Iruka sensei. Pour être précis c’est la première fois que Naruto et Sasuke se rencontrent. Ces deux-là vont se retrouver dans un monde étrange où ils pourront faire un vœu s'ils arrivent à réunir cinq pierres magiques. Mais ce monde est peuplé de bizarreries en tout genre.

Jiraiya est parti en mission depuis deux ans. Naruto a maintenant 19 ans, il est désormais Chuunin et va apprendre une nouvelle qui va changer sa vie, à tout jamais...

L'histoire se passe environ 2 ans après la mort d'Asuma, le sensei de Shikamaru. Naruto a continué d'être entraîné par Kakashi pendant 2 mois, le temps de créer quelques jutsus, et Sakura est toujours entraînée par Tsunade. La vie est paisible à Konoha, jusqu'à ce que Orochimaru et l'Akatsuki débarquent...