Depuis l'attaque de Pain, Konoha a bien changé. Deux gouvernements se chevauchent. Celui de Danzou le Rokudaime et celui de Tsunade, officieux. Naruto s'est exilé durant trois ans, sous la tutelle du Jinchuriki d'Hachibi, et plus personne n'a la moindre nouvelle de ce dernier. Mais de récents échos, le ramènent au grand jour, tandis que l'Akatsuki reconstitué se lance à sa poursuite et celle du Jinchuriki d'Hachibi.

L'histoire se passe 5 ans après que Naruto ait quitté le village de Konoha et depuis ce jour il n'est jamais réapparu. Mais le jour où il reviendra il va en surprendre plusieures.