L'histoire se passe environ 2 ans après la mort d'Asuma, le sensei de Shikamaru. Naruto a continué d'être entraîné par Kakashi pendant 2 mois, le temps de créer quelques jutsus, et Sakura est toujours entraînée par Tsunade. La vie est paisible à Konoha, jusqu'à ce que Orochimaru et l'Akatsuki débarquent...