Trois ans ont passé depuis la mort d'Orochimaru et la destruction de l'Akatsuki. De véritables héros sont nés à Konoha, village qui a depuis reprit sa paisible existence. Mais les survivants ennemis se rassemblent, préparant leur vengeance. Une nouvelle guerre est imminente, que va-t-il se passer ?

Naruto, jeune Shinobi de 16 ans, tue Pain qui avait assassiné Jiraya. Peu après, d'autres choses lui bouleversent la vie... Suivez les aventures d'un Naruto différent que celui du Manga.