L'histoire se passe environ 2 ans après la mort d'Asuma, le sensei de Shikamaru. Naruto a continué d'être entraîné par Kakashi pendant 2 mois, le temps de créer quelques jutsus, et Sakura est toujours entraînée par Tsunade. La vie est paisible à Konoha, jusqu'à ce que Orochimaru et l'Akatsuki débarquent...

Chacun de leur côté, ils sont seuls au milieu de la foule... Ils vivent une vie totalement différente mais au fond, ils se ressemblent... GaaHina, univers alternatif.