Naruto va s'entraîner avec Jiraya pendant 3 ans mais va disparaître. Jiraya va annoncer la mauvaise nouvelle au village. Sept ans plus tard un étranger arrive dans le village. Il est pour le moins étrange. Entretemps Sasuke est revenu...

Naruto fait mission à mission pour toujours le même but : ramener Sasuke, il finira par y arriver après s'être éloigné de Konoha pendant 3 ans, seul. Plein de péripéties lui arriveront par la suite.

Après 5 ans d'exil Naruto est de retour à Konoha après avoir porté une attaque à Oto no kuni. le Naruto remuant et enfantin a laissé la place à un ninja puissant et sur de ses capacités. A quel point a-t-il changé ? Pourquoi est il revenu ? Qui se cache dans son ombre ? Les choses ont changées à Konoha, une trahison a été faite et la racine refait surface. au programme un changement de mentalité et d'ambiance.