Naruto met hors d'état de nuire Madara, mais celui-ci est tué par son propre élève, Azulon. Il plonge le monde dans le chaos et force le Hokage ou autrement dit "Naruto" a fuir son pays avec une petite armée que vont faire nos héros pour rétablir l'ordre et reprendre Konoha aux mains de l'ennemi?