Cette fiction se déroule 5 ans après que Naruto soit parti en entraînement avec Jiraya. Naruto n'est jamais revenu à Konoha. Et lorsque Jiraya est revenu celui-ci n'a rien dit. Gaara est vivant. Jiraya, Chyo et Azuma sont morts, Sasuke est à la recherche d'Itachi avec l'équipe Hébi. Orochimaru a pris possession du corps de Kabuto. L'Akatsuki est affaibli et recrute des membres. Hidan, Sasori, Deidara et Kakuzu sont morts. De nouveaux ennemis, des couples, des secrets et de nouveaux personnages.

Naruto fait mission à mission pour toujours le même but : ramener Sasuke, il finira par y arriver après s'être éloigné de Konoha pendant 3 ans, seul. Plein de péripéties lui arriveront par la suite.