L'histoire se passe 5 ans après que Naruto ait quitté le village de Konoha et depuis ce jour il n'est jamais réapparu. Mais le jour où il reviendra il va en surprendre plusieures.

Le conteur de son village raconte une histoire vieille comme le monde à une nouvelle génération d'enfant, mais ce n'est pas la première fois, cette histoire si passionnant remonte au temps où les démons et les ninjas cohabitaient et se battaient, le temps des techniques dévastatrices ou bénéfiques, un temps où chaque "ninja" maîtrise les éléments, un monde ou la paix est menacé, un monde ou la haine a grandi, un compteur s'est déclenché en même temps que sa naissance, et sa fin ne tardera plus.

Naruto fait mission à mission pour toujours le même but : ramener Sasuke, il finira par y arriver après s'être éloigné de Konoha pendant 3 ans, seul. Plein de péripéties lui arriveront par la suite.

Après l'examen Jounin, Naruto s'enfuit sous les remarques pertinentes de ses amis. Après avoir fait le tour de tous les villages,seul, il revient 6 ans après. Différent du Naruto d'avant...