L'histoire se passe peu après la mort de Kakuzu et d'Hidan, les deux membres d'Akatsuki. Une jeune adolescente alors inconnue se fait sauver d'une mort certaine par des ninjas du village de Konoha. Cette rescapée sans nom de famille va vite faire la connaissance de Naruto et Cie. Malheureusement, un pouvoir dont seule elle possède, attire les convoitises de l'Akatsuki et d'Orochimaru. Cela va créer des tensions entre les personnages mais aussi des amours inédits.