Après la mort de Pein, le monde oscille entre une ère de reconstruction et un âge de destruction: tandis que les ninjas des différents villages, ralliés après l'échouement des initiatives de l'Akatsuki essayent de reconstruire une politique commune, retissant les liens qui les unissaient autrefois, les bijuus, libérés par la destruction de l'arme motrice du mouvement de l'Aube Rouge, peuplent à nouveau le vaste monde...