Ceci se passe 9 ans après le début de la Next Gen: Oto et Orochimaru ont été vaincus et Naruto, Sasuke et Sakura ont été nommés Sannins par Tsunade. Tout le monde coule des jours heureux, bref, la paix règne, quoi! Mais quand une fille aux étranges pouvoirs fait son apparition et qu'un ennemi jusque là tapit dans l'ombre frappe, on se retrouve dans la galère...