Dans le royaume lointain d'Ephyros, la dynastie des Senju accapare le pouvoir depuis des décennies. Cependant un vent de révolte souffle sur le royaume. Les souvenirs et les rancunes se réveillent entre les clans fidèles au Roi. Les Uzumaki, les Uchiha, les Sarutobi, les Terumi, les Yotsuki, les Ryûtenbin, les Sabaku, les Nara, ces clans vont devoir se battre pour obtenir le pouvoir et récupérer leur indépendance. Ainsi débuta l’Ère des Clans ....