Un an auparavant, Pein qui détruisit Konoha fut vaincu par le jinchuriki de Kyubi, ce dernier conscient de la volonté et des moyens mis en place contre lui décida de quitter le village pour l'épargner de souffrances. Mais c'est la guerre qui suivit ce triste événement... Un an que la guerre a débuté , et devant Konoha un homme etrange apparait, il est porteur d'un message et d'une mission qui va boulverser Konoha et le monde Shinobi