Au début, tout le monde pensait que la Konoha Junior High School était un établissement en tout point normal, mais certains événements vont poussés Naruto et ses amis à enquéter sur le passé de leur lycée et, par la même occasion, sur eux même.

L'histoire se déroule dans un lycée en apparence banal, où Naruto Uzumaki et ses amis sont élèves. Le jour où sa cousine refait son apparition, toute leur vie va basculer: elle saura rendre le sourire à ces élèves qui était tous tristes sans le montrer.

Une prophétie, énoncée par le tout premier ninja, annonce la venue de cinq élus. Ils seront appelés par des évènements étranges. Ils devront sauver le monde des shinobis.