Alors qu’elle quitte la fête donnée en l’honneur de Naruto, Sakura est prise d’un mauvais pressentiment. Cette nuit-là dans les rues désertes et silencieuses de Konoha, elle sent que quelqu’un la suit. C’est le début, d’un affrontement silencieux avec un ennemi qui ne se montre pas.

Konoha est en état d’alerte. Alors que la guerre menace, un tueur sévit dans le village caché, assassinant des ninjas de manière aléatoire. C’est dans ce contexte que Hiashi Hyuuga décide de traquer ceux qui menacent son clan. Il charge alors Neji de mener une difficile et périlleuse enquête.