Suite à l'histoire de Naruto. Alors qu'un danger démesuré et inconnu s'apprête à éradiquer toute forme de vie de la surface de la planète, les enfants de Naruto et d'Hinata déclenchent accidentellement l'ouverture d'une faille dans l'espace-temps. Ils se retrouvent projetés vingt-cinq ans en arrière, à l'époque où leurs parents étaient enfants, avec une vie à sauver pour empêcher la destruction de l'humanité. C'est sans compter sur l'aide de leur oncle Neji, alors tout jeune et bien vivant...

Les bébés, ça pleure, ça râle, ça touche à tout. Ca rit, ça s'émerveille, ça s'étonne. Ca comprend et voit aussi des choses que les plus grands ne perçoivent pas... Et ce soir, Boruto Uzumaki aura une visite innatendue.

Un soir d'orage, lors duquel Neji Hyûga, cinq ans, rentre de l'académie... Il apprend une terrible nouvelle. Une nouvelle qui va le faire basculer dans les ténèbres...