L' Akatsuki est dissoute, depuis six mois le monde ninja nage dans un monde de paix. Mais il existe un vieux dicton qui dit: "le calme avant la tempête", car si la lune rouge n'est plus, Madara lui est toujours vivant plus déterminé que jamais. Il va réveiller une force et un pouvoir ancien qui n'aurai peut-être jamais du revenir.